CNKI 使用的数据库主要来源于期刊、硕士论文、会议等互联网数据。一些在线文档没有被完全收录，因此，完全依靠中国知网论文查重中是否存在剽窃是不可行的。这也是通过学校查重后需要导师查重的原因。因为导师会论文查重的整体质量, 只有论文查重制度和导师的评审才能有效防止学术不端行为的发生，并从整体上提高论文质量。
每个毕业季，毕业论文的撰写和审核都是每个应届毕业生都需要面对的难题。由于大多数本科生是第一次接触毕业论文的写作，在论文的写作和查重过程中，他们不可避免地不能理解它，其中, 反映的问题很多,为什么同一论文查重结果不同，甚至有时完全不同？下面的小系列将带您了解为什么会出现这种情况:
一、检测的内容不一致
例如，您在第一次提交时直接将其复制粘贴到论文文档中，并在第二次提交时以文档的形式上传, 那么在检测过程中，系统的某些部分会有所不同，因此最终的论文查重结果可能会有所不同。此外，如果论文的文本前后发生变化，也会影响论文查重结果。
二、数据库的更新
目前，所有免费论文查重网站都在系统数据库中添加了互联网比较数据。由于互联网数据的快速更新，在短时间内论文查重同一论文的结果也会有所不同，这是正常现象。一般这种论文是局部的，差别不会太大。但是，检测到红色标记的部分仍然需要修改，不能更改的内容也可以用图片替换。
三、文档的格式有差别
在查重了论文后，一些学生发现重复率已经达到了学校的要求，所以他们没有做任何改变。他们只替换了文本中一些经常使用的符号，这将会改变论文的格式。此外，一些学校提交 word文档，而另一些学校需要提交 PDF 格式。上述所有情况都可能导致第一次没有检测到的地方，第二次会被标记为红色，导致检测结果不同。